以我們的經驗，溶解肽是一個很重要的環節。如果溶解不當可能導致肽損失或者實驗失敗。肽的溶解性主要取決于肽的序列，所以，如果實驗允許，肽序列中至少應包含20%的帶電殘基以增加其溶解度。
　　在使用之前，客戶可以遵循以下三個基本原則來選擇合適的溶劑溶解多肽。首先，所選溶劑一定能充分溶解多肽；其次，所選溶劑能與實驗條件兼容；后，所選溶劑不能與肽反應，也不能使肽降解。只要肽的量允許，可以先用少部分肽溶解，然后再將全部樣品溶解。如果需要從溶劑中回收肽，可以選擇一種初始溶劑使其在凍干后容易去除。
　　以下建議或許對您溶解肽有所幫助：
　　1. 少于5個氨基酸的肽一般溶于水溶液，強疏水的氨基酸（W，I，L，F，M，V，Y）除外。
　　2. 如果帶電氨基酸平均分布于全部序列中，那么含有>25%帶電氨基酸（E，D，K，R，H）的親水肽和含有<25%疏水氨基酸的肽一般都能溶于水溶液。多肽的純化系統一般為0.1%TFA/水和0.1%TFA/ ACN。因此，如果肽溶解在沒有緩沖能力或者緩沖能力很弱的緩沖液中，結果可能導致肽溶液呈酸性。在使用別的方法溶解肽時務必使溶劑的pH值近乎中性。酸性肽（E+D殘基數多于K+R+H殘基數）和堿性肽（K+R+H殘基數多于E+D殘基數）在中性pH值條件下比在酸性pH值下更易于溶解。
　　3. 對于疏水氨基酸含量為50%～75%的肽，即使序列中含有>25%帶電氨基酸也有可能不溶于水或者部分溶解。好先把肽溶于少量的強有機溶劑如DMF、ACN、、、、4-8M GdnHCl、尿素，或者DMSO（序列中沒有C，W，M時），及其它類似的有機溶劑中。好將溶解肽的有機溶劑緩慢地逐滴加入水溶液中，如果溶液變渾濁，可能是達到了溶解極限，繼續溶解就沒什么用了。需要注意的是，開始選擇的溶劑應該與實驗系統兼容。
　　4. 疏水氨基酸含量>75%的強疏水肽一般也不溶于水溶液。此類肽也應該先用強有機溶劑（如TFA，甲酸）溶解，如果將其加入到水溶液中也可能產生沉淀。后的肽溶液可能需要高濃度的有機溶劑使之變性，而有機溶劑一般不用于活細胞的生物功能研究。
　　5. S，T，E，D，K，R，H，N，Q，Y含量高（>75%）的多肽序列容易形成多余的分子間氫鍵網絡，在濃的水溶液中容易形成凝膠。此類肽可以用步驟3所述方法溶解。為了減少溶解中可能出現的問題，建議客戶從設計上和序列上多加考慮，以改善肽的溶解度。

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